Παράλληλα, δήλωσε ότι δεν τον αφήνει ασυγκίνητο η προοπτική ίδρυσης κόμματος από την Ντόρα Μπακογιάννη.
Αναφερόμενος στους λόγους για τους οποίους γνωστοποίησε το ενδιαφέρον του να είναι υποψήφιος περιφερειάρχης Κρήτης, ο κ. Μαρκογιαννάκης είπε: «Περισσότερο διαμαρτυρήθηκα γιατί πάρθηκε μια απόφαση που αφορά την Κρήτη, αφορά τα Χανιά, είμαι ο αρχαιότερος βουλευτής της ΝΔ στην Κρήτη και ο πέμπτος της ΝΔ και θεώρησα πώς με πρόσβαλαν κατά τρόπο βάρβαρο και βάναυσο...Ποτέ δεν κλήθηκα από κανένα. Και επειδή ο δίαυλος επικοινωνίας με την Ρηγίλλης είχε κοπεί προ πολλού από τον κ. Σαμαρά σε ό,τι αφορά το πρόσωπο μου, ήμουν υποχρεωμένος να τα πω δημόσια».
«Διαμαρτυρήθηκα δημόσια και για να τους κεντρίσω περισσότερο να έρθουμε σε ένα διάλογο, είπα ότι και εγώ ενδιαφέρομε και ενδεχομένως να είναι υποψήφιος περιφερειάρχης. Αυτό θα έπρεπε σε ένα δημοκρατικό κόμμα να επιβάλει ένα διάλογο, να επιβάλει μια επικοινωνία μαζί μου να λήξει εκεί το θέμα. Αντί αυτού θέλοντας να κάνει επίδειξη πυγμής ο κ. Σαμαράς, προκάλεσε την διαγραφή μου».
«Είναι πάρα πολύ δύσκολο να συνυπάρξω με την ΝΔ του κ. Σαμαρά, με τις νοοτροπίες και τις λογικές του», είπε ο κ. Μαρκογιαννάκης και πρόσθεσε: «Και επειδή θα με ρωτήσετε αν κάνει κόμμα η κα Μπακογιάννη εσείς τι θα κάνετε, θα ήθελα να πω το εξής: Εκείνο το οποίο επιδρά στην συνείδηση του καθενός μας πολιτικά, να είναι σε κάποιο πολιτικό χώρο, είναι κάποια πράγματα. Οι αρχές οι ιδέες το πρόγραμμα, όλα αυτά είναι που ζυγίζουν. Ασφαλώς δεν με αφήνει ασυγκίνητο η δημιουργία ενός κόμματος και με πρωτοβουλία μιας Χανιώτισσας και προπάντων εγώ είμαι από εκείνους που στήριξα καθαρά την υποψηφιότητα της κας Μπακογιάννη για την ηγεσία της ΝΔ και ως εκ τούτου αν καταλήξω εκεί, θα είναι μια συνέχεια, σε ό,τι αφορά την πολιτική μου πορεία, η οποία θα συνεχισθεί».
